Thomas Gropper erfüllte sich mit den Arcis-Vocalisten seinen lang gehegten Wunsch, Werke für Chor nicht nur mit zu gestalten, sondern für den gesamten Rahmen die Verantwortung zu tragen und diese so ganz neu zu erfahren. Seit 2005 leitet er den Konzertchor, mit dem er a cappella sowie oratorische Literatur aufführt und auch Konzertreisen unternimmt. Er dirigierte dabei u. a. die Südwestdeutsche Philharmonie Konstanz, die Vogtland Philharmonie, das Philharmonische Orchester Bad Reichenhall sowie die Barockensembles La Banda und L'arpa festante in Münchens traditionsreichen Konzertsälen wie dem Prinzregententheater und Herkulessaal, aber auch im Brunnenhof der Residenz.

2008 bis 2014 war er Leiter des renommierten Philharmonischen Chores Fürstenfeld. Ab Herbst 2014 übernahm er die künstlerische Leitung der Birnauer Kantorei und gestaltet seither die Reihe Geistliche Musik in der Birnau. Seit 2016 leitet er auch den Kammerchor Chur. Außerdem betreute er zwischen 2011 und 2015 umfangreiche Chor-Einstudierungen für Konzerte mit der live aufgeführten Filmmusik zu Der Herr der Ringe und Fluch der Karibik in der Philharmonie im Gasteig.

Thomas Gropper verfügt in den Bereichen Gesang und Stimmbildung über einen großen künstlerischen und pädagogischen Erfahrungsschatz. Sein Schwerpunkt liegt auf dem Gebiet von Oratorien, Passionen und Messen, wo er alle bedeutenden Partien für Bass und Bariton als Solist gesungen und bei zahlreichen Rundfunk- und CD-Aufnahmen wirkte. Daneben ist Thomas Gropper auch auf dem Gebiet der Oper tätig und war u. a. in Mozart-Opern als Figaro, Don Giovanni, Papageno sowie am Stadttheater Ingolstadt als Don Febeo in Simon Mayrs Che Originali zu hören. 2007 übernahm er die Titelpartie in Monteverdis L’Orfeo bei den Opernfestspielen in der Hersfelder Stiftsruine. Er war  Stimmbildner des Münchener Bach-Chors und des Münchner Motettenchors und unterrichtet seit 1997 an der Hochschule für Musik und Theater München, wo er 2001 eine Professur für Gesang, Sprecherziehung und Gesangsdidaktik erhielt.